Nuestra historia más reciente se remonta hasta 1862, cuando todo parece indicar que la realización de una serie de trabajos agrícolas relacionados con el cultivo de las tuneras para la cría de la cochinilla propició el hallazgo fortuito de la Cueva Pintada. No es, no obstante, hasta 1873 cuando se fecha su descubrimiento oficial, momento en el que José Ramos Orihuela accede a la cámara por una estrecha abertura en el techo y en sus paredes observa una serie de pinturas geométricas.
Esta circunstancia derivó en la denominación popular de Cueva Pintada, nombre que hizo fortuna y pervive hasta día de hoy. Desde este momento, la denominada Cueva Pintada se convierte en lugar de obligada visita para todas aquellas personas interesadas en la investigación del pasado prehispánico de la isla.
Estos acontecimientos son incluidos someramente en los Estudios Históricos, Climatológicos y Patológicos de las Islas Canarias de Chil y Naranjo, en 1876. Del mismo modo, la prensa escrita también se hace eco del hallazgo, de manera que en 1883 Diego Ripoche recoge en El Liberal detalles de gran interés acerca de los hallazgos, señalando que habrían sido encontrados “en su interior algunos cadáveres, vasijas y otros objetos que adquirieron algunos aficionados”.
Posteriormente, en 1884, tiene lugar la visita de Olivia Stone, quien insiste en que el monumento debía ser adquirido por el Ayuntamiento para proceder a su limpieza y permitir el acceso al público.
Las visitas a la cámara continúan sucediéndose y, en 1887, es el antropólogo francés René Verneau quien visita la cámara y realiza una descripción minuciosa en la que destaca la singularidad y la cuidada ejecución de cada uno de los paneles polícromos.
A partir de aquí, podemos señalar que desde finales del siglo XIX se produce una temprana toma de conciencia de ciertos sectores de la sociedad, que alzan sus voces para poner de manifiesto la extraordinaria relevancia de este hallazgo y defender su conservación. Así, el cronista Batllori y Lorenzo, a través de las columnas de la revista El Museo Canario, lanza una desesperada llamada a la protección de la Cueva Pintada bajo el lapidario título Mi última tentativa. La "Cueva Pintada".
En esta línea, a lo largo del siglo XX continúan las críticas a la desidia institucional, pero es, sobre todo, a partir del año 1967 cuando se inicia una campaña de prensa a favor de la recuperación de este enclave, en especial de la mano de historiadores como Celso Martín de Guzmán y Elías Serra Ráfols.
Ante el progresivo deterioro de las pinturas, la Comisaría General de Excavaciones Arqueológicas emprende, en 1970, las obras de protección y aislamiento de las humedades que estaban afectando a los dibujos. Se inician así las labores de limpieza y desescombro que terminan por dejar al descubierto un grupo de cuevas que, rodeando a la cámara decorada, formaban un conjunto único. Sin embargo, la escasa información de la que se disponía entonces sobre el tipo de poblados prehispánicos, unida a la falta de previsión y nula reacción ante los hallazgos que se fueron produciendo durante los trabajos, provocan la destrucción de una parte importante de este complejo, del que sólo se pudieron recuperar escasos restos materiales gracias a la labor de algunos vecinos que los rescataban de los escombros.
La intervención se complementó con la construcción de un cierre arquitectónico que pretendía proteger la cueva y, en última instancia, abrirla al público. Esta apertura se produce en abril de 1972, año en el que también se declara Monumento Histórico Artístico.
Dos años más tarde, en 1974, llega el primer trabajo de investigación sistemática sobre el conjunto, con una publicación de Antonio Beltrán y José Miguel Alzola. Este estudio incluye las primeras fotos a color y los dibujos más exactos realizados hasta esa fecha, contribuyendo sin duda a la difusión del yacimiento entre las personas especialistas.
Los primeros indicios del deterioro de las pinturas se observaron apenas ocho años después de la apertura al público en 1972. El regadío de las fincas del entorno, el inadecuado cierre arquitectónico y la nula planificación de las visitas provocaron una excesiva humedad ambiental y el aumento de la temperatura en el interior de la cámara.
A pesar de algunas reformas que mejoraron la ventilación del recinto, el mayor problema seguía siendo las continuas filtraciones del agua de riego y la agresión de los abonos químicos disueltos en ella. Se decidió entonces comenzar los trámites de expropiación de las fincas colindantes para poder retirar los cultivos. Este cúmulo de circunstancias obligó a tomar la decisión de cerrar la cueva al público en octubre de 1982. Fue en este momento cuando se decidió iniciar un proyecto de investigación que permitiera volver a abrir la Cueva Pintada al público, pero esta vez garantizando su conservación.