El proyecto museológico ha querido ir más allá de la mera visita a un yacimiento arqueológico y, como elemento innovador, transforma este poblado prehispánico en la principal sala del museo.
El objetivo fundamental del proyecto consiste en sumergir al público visitante en un viaje al pasado, mediante audiovisuales en 3D y panorámicos, vitrinas, paneles, maquetas y reconstrucciones de viviendas prehispánicas.
Es fundamental la creación de una atmósfera y espacio mágicos para conseguir que el visitante termine el recorrido con la idea de que ha vivido una experiencia única. En definitiva, una propuesta generadora de recursos educativos, culturales y lúdicos que aspira a convertirse en un modelo de gestión del patrimonio histórico basado en la sostenibilidad.
Para todo ello, se cuenta con una serie de instalaciones específicas únicas en la isla, entre las que destaca un laboratorio de arqueología totalmente equipado en el que se ha habilitado un área específica para el tratamiento de los materiales, con zonas para el lavado de los restos y de flotación de los sedimentos.
También se cuenta con un laboratorio de restauración, dotado de un moderno equipamiento que permitirá realizar el tratamiento de limpieza, consolidación y restauración de todo tipo de materiales que se recuperan en las excavaciones arqueológicas.
Por último, el museo dispone de un amplio almacén con un volumen superior a 6.000 cajas para almacenar y guardar los restos arqueológicos del yacimiento.