El Museo y Parque Arqueológico Cueva Pintada fue impulsado en el año 1986 en virtud de un convenio firmado entre el Ministerio de Cultura y el Gobierno de Canarias. Las transferencias de las competencias de la Comunidad Autónoma de Canarias a los Cabildos insulares supuso que el Cabildo de Gran Canaria pasara a liderar el proyecto. En este proceso el Ayuntamiento de Gáldar también colaboró en algunos de los planes que hicieron posible este equipamiento.
A día de hoy, la titularidad del suelo es del Gobierno de Canarias y la gestión corresponde íntegramente al Cabildo de Gran Canaria. El Museo y Parque Arqueológico Cueva Pintada es uno de los equipamientos que conforman el Servicio de Museos de la Consejería de Cultura.
Para el desarrollo de proyectos puntuales ha contado con la colaboración del Patronato de Turismo, la Fundación Caja de Canarias, la Universidad de Las Palmas de Gran Canaria, La Universidad de La Laguna y La Dirección General de Patrimonio Cultural del Gobierno de Canarias, entre otras instituciones.
La Cueva Pintada ha sido merecedora de los siguientes premios y distinciones:
Premio Hispania Nostra a la Conservación del Patrimonio Cultural (2011)
Premio CICOP a la Conservación y Restauración del Patrimonio Arqueológico (2016)