En el Museo y Parque Arqueológico Cueva Pintada la investigación tiene un protagonismo decisivo, tanto en la definición del propio discurso museológico y de los contenidos de las distintas unidades expositivas, como en todo lo relacionado con la conservación del complejo troglodita de la Cueva Pintada, y muy especialmente de la cámara decorada. 

Las estrategias y programas de producción de conocimiento no se aplican sólo a la (re)presentación de los contextos originales de uso y significación de la cultura material exhumada y musealizada, puesto que la irrupción del público ha exigido poner el acento al otro lado de la vitrina, convirtiendo así al visitante en un nuevo, y apasionante, objeto de estudio. 

Además del necesario análisis y publicación de materiales y colecciones (muebles e inmuebles), la realización de nuevas excavaciones y estudios arqueológicos destinados a resolver cuestiones aún pendientes, así como la puesta en marcha de programas temáticos de investigación de carácter comarcal o insular, se atiende también a la participación del público como fuente para la producción de conocimiento. El programa de investigación del museo se centra en el riesgo que para la conservación supone la presencia de visitantes, la enseñanza y la comunicación; la sociología y etnografía de los museos.

El Plan de Investigación, y los proyectos específicos que lo desarrollarán, se imbrican en una estrategia patrimonial global que, hilvanada en torno a la «vida social de los objetos», hace converger Arqueología, Conservación y Museología. 

Creación del SIDAP. Sistema Integral de Documentación Arqueológica y Patrimonial que pretender ser un portal abierto a la ciudadanía y a las personas investigadoras y profesionales con el objeto de gestionar, almacenar, perpetuar y difundir, de manera integral, todo el enorme caudal de datos generados desde sus inicios por el Proyecto Cueva Pintada, no sólo en lo relacionado con el ámbito específico de la Arqueología, sino también en lo tocante a la Conservación y la Museografía.

Por otra parte, esta iniciativa se propone contribuir, de manera decidida, a fijar y estandarizar los protocolos y los requerimientos técnicos para la concepción y la ejecución de los sistemas de registro y documentación.

En definitiva se pretende contribuir activamente al desarrollo de la sociedad y de la ciencia mediante su capacidad para permitir producir, compartir y transmitir información, y para acceder a datos primarios. Desde este punto de vista, contribuye al desarrollo de Infraestructura de Datos Espaciales (IDE) europea, entendida como una herramienta para la difusión de la información espacial accesible a través de la web.

Así las cosas, las prioridades científicas definidas se sustancian en una serie de acciones de producción y Difusión del conocimiento que, derivadas de la identidad y la vocación monográfica del Museo y Parque Arqueológico Cueva Pintada, se agrupan en tres líneas básicas: investigaciones arqueológicas, investigaciones aplicadas a la conservación e investigaciones aplicadas a la presentación y difusión, como el que se está llevando a cabo dentro del proyecto de Análisis de Micromorfología de los sedimentos de la Cueva Pintada de Gáldar, Gran Canaria, que desarrolla el Laboratorio de Micromorfología y Biomarcadores de La Universidad de La Laguna.